Une ancienne amie de Pete, Sœur Margaret, et un ancien amour de MacGyver, Debra Easton, sont sur la liste noire d'un régime oppressif d'Asie du Sud-Est. Pete et MacGyver décident de s'y rendre et traversent secrètement les frontières thaïlandaises pour sauver les deux femmes et les jeunes orphelins dont elles s'occupent.