En pleine guerre froide, le professeur Indiana Jones vient d'être renvoyé de son université à cause de ses activités d'archéologue. Il rencontre alors un jeune motard, Mutt, qui lui propose de le mettre sur la piste du crâne de cristal d'Akator, une relique qui permettrait à son propriétaire de contrôler l'univers, mais des Russes, guidés par Irina Spalko, veulent, eux aussi, mettre la main sur la fameuse pièce.