À bord de l'avion présidentiel Air Force One, le commandant de Marine Ray Trapp décède sous les yeux de Kate Todd, après avoir dîné avec George W. Bush. Immédiatement averti, l'agent Gibbs, à la tête du NCIS - Naval Criminal Investigate Service, retrouve ses collègues Tony DiNozzo et Ducky Mallard à l'aéroport. Tous trois se présentent comme médecins légistes pour monter à bord. Ils demandent ensuite aux agents du FBI et des services secrets d'évacuer le jet pour examiner le corps. Mais une fois seuls avec Kate, les membres du NCIS font décoller l'avion...