Soumise à une évaluation psychologique, l'équipe du NCIS enquête en parallèle sur la mort d'un commandant, retrouvé tué par balle sur un navire de la Marine. Durant l'investigation, les agents sont suivis par le Dr Rachel Cranston, qui les amène à évoquer leurs peurs et leurs traumatismes, notamment celui causé par la mort de Kate… Cet épisode comporte de nombreux flash back des saisons précédentes.