Le secrétaire d'État à la Navy est tué dans un attentat, tandis que Tom Morrow, ancien directeur du NCIS, est grièvement blessé. Gibbs tombe dans une embuscade en Iran, Tony est pris pour cible chez lui et Ducky est agressé dans son laboratoire. Face à cette série d'attaques coordonnées, l'équipe reçoit l'aide inattendue de Richard Parsons. En Israël, où elle s'est réfugiée, Ziva se retrouve elle aussi en grand danger.