Lors d'un exercice en mer avec l'agent des garde-côtes Abigail Borin, le NCIS repêche le corps d'un homme appartenant à l'équipage d'un cargo marchand, le San Dominick. En remontant sa piste, les agents découvrent que le navire dérive sans contrôle après avoir été attaqué et pris d'assaut par des pirates.