Lorsqu'un homme utilisant l'identité de Leland Spears est retrouvé mort, le NCIS ouvre une enquête particulière. Ce nom était en effet celui qu'utilisait Gibbs lors de missions d'infiltration pour le NIS plus de vingt ans auparavant. Aidé par l'ancien directeur Tom Morrow, il remonte jusqu'à Michèle Stark, l'experte de la CIA aujourd'hui retraitée qui avait conçu ces identités secrètes.